System 3 viene rilasciato nel gennaio del 1986 in concomitanza con il lancio del nuovo Mac Plus.

Le performance sono ulteriormente migliorate grazie, anche, all'introduzione dell'Hierarchical File System (HFS) al posto del vecchio MFS di System 1 e 2. Le cartelle ora sono reali e possono contenere alter cartelle (nested folders). La Title Bar delle finestre si arricchisce del bottone di zoom: un primo click consente di ridimensionare la finestra, ottimizzandone la dimensione in base al contenuto della cartella selezionata; un secondo click riporta la finestra alle dimensioni iniziali. Il Cestino viene migliorato graficamente "gonfiandosi" quando qualcosa viene spostato in esso.

Cinque sono le minor release che accompagnano System 3:

• System 3.1 è una bug-fix release, che corregge i bug emersi nella release iniziale;
• System 3.2 pone rimedio a ulteriori 30 bug, alcuni dei quali causavano la perdita dei dati e crash improvvisi del sistema. La Calcolatrice viene aggiornata in modo che la sua tastiera rifletta quella di un dispositivo reale;
• System 3.3 porta in dote il sottosistema AppleShare per la condivisione delle risorse ed il supporto a Macintosh II e l'SE;
• System 3.4, rilasciato per supportare il nuovo Macintosh 512K e introduce AppleShare 2.0.