L'Apple DOS 3.3 arriva nell'agosto del 1980 ed è l'ultima versione dell'Apple Disk Operating Systems.
Questa nuova release supporta i nuovi Disk Drive (con PROM P5A/P6A) capaci di scrivere i floppy con il formato a 16 settori per traccia (e non più a 13 come i precedenti), portando la capacità massima disponibile da 113.75K a 140Kb.
Il contenuto del System Master Disk non differisce molto da quello della versione 3.2, ma spicca il nuovo "COPYA", versione riscritta per Applesoft BASIC e in grado di copiare i floppy anche con un singolo disk drive.
COPYA
Proprio a fronte dei cambiamenti della ROM non risulta così semplice rendere direttamente leggibile il vecchio formato a 13 settori dei floppy. Per ovviare a questo problema Apple introduce nel proprio DOS l'utility BOOT13 per l'utilizzo, appunto, dei floppy a 13 settori delle precedenti versioni, così come BASICS può essere utilizzato per il relativo pre-boot.
BOOT13
Inoltre Apple fornisce, sempre sul System Master disk, un tool di conversione chiamato MUFFIN (Move Utility For Files In NewDOS, scritto da Rich Williams) per copiare i file da un disco scritto a "13 settori" a uno scritto a "16 settori".
MUFFIN
La conversione inversa non è direttamente contemplata dall'Apple DOS 3.3, ma un gruppo di haker modificano MUFFIN e creano DE-MUFFIN, una utility per il DOS 3.2 che, appunto, passa dal formato a 16 settori a quello a 13 (sempre disponendo del nuovo DIsk Drive).
Molti utenti non gradiscono però questa promiscuità e cercano altre soluzioni per gestire contemporaneamente i propri floppy nei due formati. Una delle soluzioni più originali è l'utilizzo contemporaneo (tramite schede di espansione terze) di due versioni diverse della ROM che abilitano, alternativamente tramite uno switch, l'utilizzo di una versione piuttosto che l'altra, passando quindi dal DOS 3.3 al 3.2.
Con questa versione compare anche una utility di nome FID (versione M, anche se non si ha traccia delle precedenti), scritta in assembly, e pensata per semplificare la copia dei file, soprattutto quelli di tipo Text e Binary.
FID
Nota curiosa sul nome FID: il manuale Apple riporta che FID è acronimo di FIleDeveloper, ma l'autore, Rich WilliamsThe, ha raccontato che il nome originale era FISHEAD (FIle Shower, HElper, AndDuplicator), bocciato dal marketing Apple, che lo cambia appunto in "FID", probabilmente con il significatodi Fishead In Disguise (o Fishead In Drag).
Un'ultima caratteristica interessante del DOS 3.3 è la modalità di caricamento in memoria dell'Interprete BASIC differente da quello presente in memoria. Il caricamento avviene nella memoria aggiuntiva fornita dalla Language Card (16Kb). I possessori dell'Apple II Plus, possono caricare l'Integer Basic tramite INTBASIC, mentre quelli dei precedenti sistemi (Apple II non plus) possono caricare Applesoft tramite FBASIC.