Nel 1990, insieme ai primi modelli di Amiga 3000, arriva AmigaOS 2.0, con AmigaDOS riscritto in C e Assembly, mantenendo però quanto necessario in BPCL per garantire la compatibilità applicativa con la serie 1.
Molte delle utility precedentemente scritte in BPCL vengono sostituite con il pacchetto AmigaDOS Resource Project, contenente soluzioni analoghe di terze parti scritte in C.
Il Workbench assume uno stile 3D con opportune combinazioni di grigio-nero-bianco, che si sostituiscono alla precedenti combinazioni di arancio-blu. Inoltre Amiga tenta di spingere sullo sviluppo di applicazioni con una GUI stilisticamente compliance al nuovo Workbench (look-and-feel), grazie alla toolkit library GadTools e al widget toolkit ClassAct, entrambi realizzati con il linguaggio BOOPSI (Basic Object Oriented Programming System for Intuition), appositamente creato.
AmigaOS 2.0
In questa nuova versione, l’interfaccia è maggiormente personalizzabile, con Menu completamente rivisti e riorganizzati e file che sono ora presentati con specifiche icone.
Il file system FFS diventa “maturo”, inglobando feauture come: cached partition, international partition, supporto ai caratteri accentati nei nomi dei file e long file name (fino a 108 caratteri). La procedura di Boot del sistema, al contempo, si arricchisce di un Boot Menu che consente di selezionare quali device attivare in fase di inizializzazione e controllare la procedura di avvio.
Ad ottobre del 1991, con l’arrivo dell’Amiga 500+ e delle nuove versioni di Amiga 3000, viene rilasciato AmigaOS 2.04, con decisi miglioramenti soprattutto nella stabilità complessiva del sistema.
AmigaOS 2.04
Il Workbench si arricchisce del supporto ai font vettoriali, mentre la shell viene estesa con ARexx¸ un interprete del linguaggio di scripting REXX di IBM.
Il Workbench 2.04 è decisamente un ottimo ambiente di lavoro, tanto che ad aprile del 1992 (lancio Amiga 600 / 600HD) la nova minor release 2.05 lascia la GUI praticamente immutata. Sotto il cofano però, diverse cose vengono riviste per abbracciare le innovazioni hardware: supporto agli hard-disk fino a 40MB, supporto ai floppy High-Density, supporto alle periferiche PCMCIA e gestione migliorata dei vari device.
Gli ultimi mesi del 1992 (novembre/dicembre) sono interessati dal rilascio della versione 2.10 in abbinamento agli aggiornamenti dell’Amiga 600, ultimo aggiornamento della serie 2.
AmigaOS 2.10
Diverse le novità, a partire dal nuovo CrossDOS pensato per semplificare il trasferimento di file da sistemi Amiga a sistemi MS-DOS. Tutto l’OS viene ottimizzato, tanto di richiedere minor quantità di RAM, e viene aggiunto il supporto al nuovo Motorola 68040 così come alle stampanti PostScript. Importanti miglioramenti nella libreria asl.library, a cui è demandato, sostanzialmente, l’I/O.
Interessante, infine, la possibilità di localizzare dinamicamente le applicazioni in base alla lingua scelta per il sistema operativo.