Ad Agosto 2002 Thendic France commercializza ufficialmente Pegasos equipaggiato con MorphOS, inizialmente nella versione 1.0 ma presto sostituita dalla versione 1.1.
Le nuove versioni del MorphOS non furono tuttavia distribuite per le schede PPC Phase5 relegando i sistemi Amiga “classic” all’uso della vecchia versione 0.4 di MorphOS.
MorphOS
A Novembre 2002 viene commercializzato AmigaOne G3-SE, equipaggiato con Linux per tamponare i ritardi di rilascio di AmigaOS4.0. Sia Pegasos che AmigaOne G3-SE sono basati sullo standard ATX, utilizzano un NorthBridge denominato ArticiaS prodotto da MAI e inglobano una CPU IBM PowerPC G3. I due sistemi, inoltre, dispongono, praticamente, delle stesse possibilità di espansione offerte da un comune PC, pur utilizzando una differente CPU.
L’inizio del 2003 vede la nascita di Genesi , joint-venture tra bPlan e Thendic France, che annuncia la progettazione di una nuova scheda madre in formato MicroATX, il PegasosII, con un nuovo chip al posto dell'Articia, il DiscoveryII di Marvell, ed equipaggiata da PowerPC G3 o un G4.
L’annuncio è conseguente alla rottura tra bPlan e MAI, a causa dei contini ritardi di quest’ultima. Contemporaneamente Hyperion pubblica un documento di ventuno pagine riguardante le caratteristiche del nuovo AmigaOS4.0 che dovrebbe essere rilasciato gratuitamente a tutti i possessori di AmigaOneSE ed XE venduti nel contesto della speciale offerta "EarlyBird". Inoltre vengono diffuse ulteriori immagini del Sistema Operativo, questa volta in funzione su un sistema Amiga4000 dotato di scheda CyberstormPPC.
A Febbraio del 2003 viene commercializzato l'AmigaOne XE in edizione speciale per gli sviluppatori, sia in versione G3 che in versione G4, sempre equipaggiato con Linux. Parallelamente, inizia la commercializzazione di Pegasos e viene rilasciata la versione 1.2 di MorphOS, seguita, ad appena un mese, da MorphOS 1.3 e dal primo SDK pubblico.
MorphOS 1.3
A Giugno iniziano una serie di eventi denominati "AmigaOS4 on Tour" finalizzati a presentare gli sviluppi del nuovo sistema operativo curato da Hyperion. Viene fatta finalmente luce sul nuovo kernel ExecSG, la piena compatibilità verso le applicazioni per microprocessori 680x0 grazie ad un emulatore, la nuova versione di Intuition, totalmente configurabile, ed un nuovo AmigaDOS.
In piena estate, MorphOS viene aggiornato alla release 1.4, la cui caratteristica primaria è il nuovo emulatore del microprocessore 680x0 di tipo “JIT” con performance decisamente superiori a quelle di un modello Amiga "reale" di fascia alta. Inoltre cominciano i primi contrasti e le prime battaglie legali tra Amiga Inc. e Genesi, su presunti accordi non rispettati nello sviluppo congiunto di nuove tecnologie.
Sempre nell’estate del 2003 viene commercializzata una speciale distribuzione Linux per Pegasos, PegXLin, che, sfruttando la macchina virtuale MacOnLinux, permette di utilizzare il MacOS X e MacOS 9 “classic”sulla piattaforma di Genesi. Tra annunci più o meno realistici di nuovo hardware, si giunge al periodo natalizio, in cui viene annunciato il rilascio di AmigaOS4 Developer Pre-Release per tutti i possessori di AmigaOne, contenente una versione preliminare di AmigaOS4.0 e tutto il materiale indispensabile per gli sviluppatori. Agli inizi del nuovo anno (2004) si susseguono rapidamente due eventi importanti: Thendic-France annuncia la propria chiusura forzata, mentre Genesi, che continua comunque ad esistere, con il supporto di IBM annuncia l’ “Open Desktop Workstation", una piattaforma PowerPC basata sul Pegasos in cui sarà possibile scegliere fra più di 15 diversi Sistemi Operativi.